Si bien los atractivos de la zona donde se desarrollan las excursiones son numerosos e imponentes, es indiscutible el protagonismo que ejerce la fauna.  
El Canal Beagle ha sido identificado como un Área Importante para la Conservación de las Aves (AICAS), y  presenta dos áreas de máxima diversidad de aves marinas: la zona de islas e islotes cercanos a la bahía Ushuaia y la zona comprendida entre la isla Gable y la isla Becasses. Ambas albergan una importante proporción de las aves marinas que anidan en la costa de Tierra del Fuego y son concordantes también, con los apostaderos de lobos marinos.

Aves: el Canal Beagle presenta una gran biodiversidad  de aves marinas que utilizan ciertas islas e islotes para la reproducción como las gaviotas cocineras, cormoranes imperiales, pingüino de Magallanes y pingüino de vincha o papúa, skuas. Otras como los petreles gigantes del sur, albatros de ceja negra, priones, pardelas son visitantes estacionales.

Aves costeras como el caranca, el pato crestón, el quetro austral volador y no volador, o los  playeros rabadilla blanca, suelen avistarse en las costas durante las navegaciones (Cuadro de aves marinas y costeras)

Mamíferos marinos: se presentan apostaderos esparcidos en las islas e islotes dentro del canal, de lobos marinos de un pelo, también conocido como león marino, y del lobo de dos pelos o lobo fino. Ocasionalmente se pueden avistar  otros fócidos, como el elefante marino del sur y la foca leopardo, y algunos cetáceos como  la marsopa espinosa y más raramente el delfín austral, ballena minke, sei, yubarta o jorobada, orcas, delfines oscuros, delfines cruzados, entre otros.

Mamíferos terrestres: están localizados predominantemente en islas que han tenido un uso antrópico en el pasado, islotes utilizados para la ganadería y las actividades pecuarias.  El conejo de Castilla y la rata almizclera son dos especies introducidas que se encuentran en algunas islas.

Descargar: Aves y Mamíferos Marinos del Canal Beagle